代替体检惩罚制度指的是一些单位或组织规定，如果员工或成员不参加规定的体检，将会受到一定的惩罚，如罚款、扣除奖金或福利等。这种制度是否违法，需要具体情况具体分析。

根据《中华人民共和国劳动法》第四十三条规定，用人单位应当保障劳动者的生命权、健康权，采取必要的措施保护劳动者的身体健康。因此，用人单位可以要求员工进行体检，以保障员工的身体健康和工作安全。但是，用人单位不能通过罚款、扣除奖金或福利等方式来强制员工参加体检，因为这些惩罚措施违反了《中华人民共和国劳动法》第三十九条的规定，即禁止用人单位以任何形式强迫劳动者违反法律、法规和规章制度。

如果用人单位采取代替体检惩罚制度，违反了《中华人民共和国劳动法》的相关规定，员工可以向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。如果被判定违法，用人单位可能需要支付赔偿金，并面临罚款等行政处罚。如果情节严重，涉嫌犯罪，用人单位的相关人员可能会被判刑。

总之，代替体检惩罚制度是违法的，用人单位应当遵守相关法律法规，保障员工的合法权益。