1. 法律责任：根据《劳动合同法》和《职业病防治法》的规定，用人单位有义务对新员工进行入职体检，以确保员工的身体健康和工作安全。如果用人单位代替入职体检，可能会违反相关法律法规，承担相应的法律责任。

2. 经济责任：如果新员工在入职后出现工作相关的健康问题，用人单位可能需要承担相应的医疗费用和赔偿责任。此外，员工因健康原因无法工作，也可能会导致用人单位的经济损失。

3. 员工关系责任：如果用人单位代替入职体检，可能会给员工造成不良印象，影响员工对用人单位的信任和忠诚度。员工可能会认为用人单位不重视员工的健康和安全，从而对用人单位的工作产生负面影响。

综上所述，代替入职体检是一种不负责任的行为，可能会导致用人单位承担法律、经济和员工关系责任。因此，用人单位应该严格遵守相关法律法规，对新员工进行入职体检，确保员工的身体健康和工作安全。