代替体检惩罚制度的是综合考评制度。综合考评制度是指以综合素质评价为基础，以学生的学习成绩、课外活动、社会实践、道德品质、身心健康等方面为考核内容，对学生进行全面评价的一种教育评价制度。

与体检惩罚制度不同，综合考评制度注重学生的全面发展，强调学生的综合素质，不仅考核学生的学习成绩，还评价学生的课外活动、社会实践、道德品质和身心健康等方面。这种评价方式更加公正、客观，能够更好地反映学生的真实水平和全面发展情况。

综合考评制度的实施需要学校和教师的共同努力。学校需要建立完善的评价体系和评价标准，制定科学合理的评价方法，确保评价的公正性和客观性。教师需要认真负责地开展教学工作，引导学生积极参加课外活动和社会实践，关注学生的身心健康和道德品质，为学生的全面发展提供支持和帮助。

综合考评制度的实施对于促进学生的全面发展、提高教育教学质量具有重要意义。同时，这种评价方式也更符合现代社会的需求，能够更好地培养具有综合素质的高素质人才。