代替他人入职体检是违法的行为，因为入职体检是用于确认招聘人员身体状况的一项重要程序，而代替他人进行体检可能会导致雇主无法获得真实的身体状况信息，从而造成潜在的风险和责任。

如果发现有人代替他人进行入职体检，雇主可以采取以下措施：

1.要求重新进行体检：如果发现代替他人进行体检的情况，雇主可以要求重新进行体检，以确保获得真实的身体状况信息。

2.取消招聘资格：如果代替他人进行体检的行为被证实，雇主可以取消该员工的招聘资格，因为这是一种严重的违法行为。

3.报警处理：如果代替他人进行体检的行为涉及欺诈或其他犯罪行为，雇主可以向警方报案，让法律机构介入处理。

总之，代替他人进行入职体检是一种违法行为，雇主应该采取相应措施来保护自己的利益和员工的健康。